Nouvelle méthodologie de construction d’ontologies médicales : cas d’étude : diagnostic de la pneumonie

Azzi, Sabrina (2021). Nouvelle méthodologie de construction d’ontologies médicales : cas d’étude : diagnostic de la pneumonie. Thèse. Gatineau, Université du Québec en Outaouais, Département d’informatique et d'ingénierie, 135 p.

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Résumé

L’application des ontologies dans le domaine médical a connu une grande popularité cette dernière décennie. Ces ontologies sont développées pour répondre à des besoins de compréhension, de partage et d’intégration des connaissances. Le développement d'une nouvelle ontologie médicale représente un sérieux défi, car les méthodologies existantes ne fournissent pas beaucoup d'indications sur la manière dont les différentes étapes doivent être réalisées. Ce défi devient plus difficile lorsqu'il existe une multitude de sources de connaissances médicales et d'ontologies couvrant le domaine et ayant chacune une représentation différente du même concept. De plus, le développement d'ontologies est un travail multidisciplinaire impliquant des experts du domaine et des ontologues. Il n'est pas facile de réunir une telle équipe et, par conséquent, les ontologies sont souvent créées avec une expertise limitée soit dans le domaine médical ou dans le domaine de l'ingénierie des ontologies.
Dans ce contexte, notre réflexion a porté d’une part, sur la construction d’une nouvelle méthodologie détaillée pour la création d'une ontologie médicale avec une participation limitée des experts du domaine. D’autre part, sur une preuve de concept qui consiste en l’application de la méthodologie sur le développement d’une ontologie couvrant le diagnostic de la pneumonie.
La méthodologie utilise les guides de bonnes pratiques cliniques (GBPC) pour construire une ontologie préliminaire, et ensuite, elle réutilise des ontologies existantes qui sont pertinentes pour le domaine. La méthodologie guide l’ontologue à résoudre les incohérences et les conflits possibles entre des concepts ayant des représentations différentes dans plusieurs ontologies. Ce n'est que lors des phases de définition du domaine et d'évaluation de l’ontologie que les experts du domaine sont consultés. Pour des fins d'interopérabilité et de réutilisabilité avec d'autres ontologies biomédicales, la méthodologie suit les principes d'Open Biomedical Ontologies (OBO) Foundry.
La méthodologie a été expérimentée pour la construction d’une ontologie pour le diagnostic de la pneumonie (PNADO). La définition du domaine de PNADO et son évaluation ont impliqué plusieurs médecins. Les résultats de l’évaluation ont permis de valider notre méthodologie et de démontrer son efficacité.
PNADO est la première ontologie de diagnostic de la pneumonie déclarée, développée pour représenter les différents aspects du diagnostic dans un format logique et formel. Elle couvre les éléments suivants : les symptômes, les signes cliniques, les types de pneumonie, les antécédents, les pathogènes, les diagnostics différentiels, les complications, les tests de laboratoire, l’imagerie et les résultats. Cette dernière sera utilisée par un système d'aide à la décision clinique qui sera intégré dans la plateforme SEKMED (Software for the Evolution of Knowledge in MEDicine).
Bien que notre méthodologie ait été destinée à la construction d'ontologies médicales, elle peut très bien être appliquée à la construction d'ontologies couvrant d'autres domaines et disciplines, à condition d’avoir des documents qui synthétisent les connaissances du domaine à l’instar des GBPC.

Type de document:	Thèse (Thèse)
Directeur de mémoire/thèse:	Nabelsi, Véronique
Co-directeurs de mémoire/thèse:	Iglewski, Michal
Mots-clés libres:	Ingénierie des ontologies médicales; Réutilisation d’ontologies; Guides de bonnes pratiques cliniques; OBO Foundry; Questions de compétence; Diagnostic de la pneumonie
Départements et école, unités de recherche et services:	Informatique et ingénierie
Date de dépôt:	05 mai 2022 12:25
Dernière modification:	05 mai 2022 12:25
URI:	https://di.uqo.ca/id/eprint/1374

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